Jeder Schulstandort (Oberbottigen, Bümpliz/Höhe, Kleefeld und Stapfenacker) verfügt über einen Elternrat. Dieser setzt sich aus gewählten Elternvertretungen sämtlicher Klassen zusammen. Der Elternrat trifft sich mindestens einmal pro Semester, in der Regel 4 - 5 Mal pro Schuljahr, zu Sitzungen, an denen auch die jeweilige Schulleitung und eine Vertretung der Lehrerschaft teilnehmen.

Der Elternrat befasst sich mit aktuellen, den Schulstandort betreffenden Themen. Er trägt zu einem guten Schulklima bei und informiert die Eltern regelmässig über seine Arbeit. Zu Beginn eines Schuljahres wählt der Elternrat aus seiner Mitte ein bis zwei Mitglieder in den Elternrat des Schulkreises (Kreiselternrat).